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Genome Graph Japan

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ゲノムグラフとは?

ゲノムグラフとは、ゲノム情報を既存の線型な(リニアな)表現ではなく、ノードとエッジからなる数学的なグラフ構造で表現するアイデアのことです。ゲノムグラフの対象になる分野は多岐に渡ります。 例えば、以下のような応用先が挙げられます。

微生物群集解析

メタゲノム解析

ウイルス解析

植物ゲノム解析

遺伝性疾患解析

がんゲノム解析

系統解析

生物種ゲノム解析

etc…

参考文献

Marschall, T. et al. Computational pan-genomics: Status, promises and challenges. Brief. Bioinform. 19, 118–135 (2018). Paten, B., Novak, A. M., Eizenga, J. M. & Garrison, E. Genome graphs and the evolution of genome inference. Genome Res. 27, 665–676 (2017).